Von einem Signal vom Kurs abgelenkt, landet die TARDIS in einem unterirdischen Bunker in Utah im Jahr 2012. Als Rose und der Doktor den Ort zu erkunden beginnen, erkennen sie, dass es sich anscheinend um eine Art Museum voller Alien-Artefakte handelt. Darunter entdeckt der Doktor auch den Kopf eines Cyberman - auch wenn dieser nicht als solcher identifiziert wird, der Doktor sagt lediglich, es handele sich um einen alten Freund bzw. wohl eher einen alten Feind. In dem Moment löst er einen Alarm aus und im nächsten Moment sind die beiden von bewaffneten Soldat*innen umzingelt.
Sie werden abgeführt und zu Henry van Statten gebracht, dem unfassbar reichen Besitzer des Bunkers, dem nach eigener Aussage sogar das Internet gehört. Dieser sammelt bereits schon seit Jahren Objekte außerirdischer Herkunft und hält auch bei der Begegnung eines in den Händen, das sein junger, englischer Mitarbeiter, Adam Mitchell, für ihn erworben hat. Der Doktor identifiziert den Gegenstand als Musikinstrument, was van Statten zwar erstaunt, doch er wirft es sorglos zu Seite. Den pikierten Doktor fragt er, ob er nicht lieber ein lebendiges, roboterähnliches Exemplar sehen wolle, welches in einem Teil des Bunkers gefangen gehalten wird. Van Stattens Mitarbeiter*innen waren bisher bei jedem Versuch (darunter Folter) gescheitert, es zum reden zu bringen, die einzigen Laute, die es von sich gab, waren Schreie.
Als der Doktor die Zelle betritt, gibt er an, nur helfen zu wollen. Seine Haltung ändert sich jedoch schlagartig als er erkennt, was für ein Wesen da vor ihm steht: ein Dalek. Dieser fängt nun doch an zu sprechen und verkündet, der Doktor sei ein Feind der Daleks und er werden ihn eleminieren. Der außer Fassung geratene Doktor verlangt aus der Zelle gelassen zu werden, erkennt dann aber, dass der Dalek beschädigt und wehrlos ist. Als der Dalek nach Befehlen verlangt, teilt der Doktor ihm schadenfroh mit, dass er keine bekommen werde: Die Daleks wurden vernichtet und der Doktor ist derjenige, der dafür verantwortlich ist. Der Dalek fragt, was aus den Time Lords geworden ist und der Doktor merkt an, dass auch diese vernichtet wurden als der Ewige Krieg endete. Alle hätten verloren und nun seien sie zwei die letzten ihrer Art. Der Dalek erwidert, dass das dann wohl eine Gemeinsamkeit wäre. Daraufhin gerät der Doktor völlig außer sich und versucht den Dalek mit einem Stromschlag zu töten, er wird jedoch von den Wachen aufgehalten.
Als der Doktor anschließend zusammen mit van Stattens Assistentin, Diana Goddard, wieder auf dem Weg zu ihrem Chef ist, erklärt sie, der Dalek sei fünfzig Jahre zuvor auf die Erde gefallen und hätte tagelang gebrannt. Bei einer Auktion sei er dann in den Besitz van Stattens gelangt. Letzterer erkennt später, dass der Dalek nicht das einzige Alien auf der Erde ist. Der Doktor wird daraufhin gefangen genommen, angekettet und auf schmerzhafte Weise gescannt. Van Statten ist hocherfreut und stellt fest, dass die Erkenntnisse für die Forschung verwertbar und daher wirtschaftlich profitabel sind.
Unterdessen führt Adam Rose, die von der Situation des Doktors keine Ahnung hat, im Bunker herum. Als Adam ihr den Dalek auf einem Monitor zeigt, der gerade erneut gefoltert wird, ist sie entsetzt und möchte zu ihm gebracht werden. Dort spricht Rose mit ihm und bietet ihm ihre Hilfe (und die des Doktors) an. In ihrem Versuch, den anscheinend hilflosen Dalek zu trösten, berührt sie ihn. Der Dalek absorbiert ihre DNA, die es ihm erlaubt, sich zu regenerieren und auszubrechen. Der Doktor erklärt dem alarmierten van Statten, er müsse ihn freilassen um zu überleben.
Mittlerweile hat es der Dalek geschafft, Zugriff zu einem Computer Terminal zu erlangen und Energie zu absorbieren, um sich vollständig wiederherzustellen. Mehrere Soldat*innen versuchen den Dalek aufzuhalten, doch alle werden getötet, während van Statten noch immer darauf beharrt, dass der Dalek nicht beschädigt werden soll. Der Doktor rät Diana, alle in der Basis mit Waffen auszustatten.
Adam und Rose - noch immer auf der Flucht - befinden sich mit einer der Wachen in einem Treppenhaus. Sie hoffen, den Dalek dort abzuhängen, doch es ist zwecklos. Der Dalek tötet die Wache, als sie versucht, ihn aufzuhalten. Van Statten möchte versuchen, mit dem Dalek zu verhandeln, doch der Doktor erklärt, dass das unmöglich sei, da das einzige Ziel der Daleks wäre, alles, was nicht Dalek ist, zu vernichten.
Der Dalek zieht eine Blutspur hinter sich her, während er sich seinen Weg durch den Bunker bahnt. Durch seine Verbindung zum Computer Terminal und den Zugriff zu Satelliten und Radioteleskopen ist auch er mittlerweile davon überzeugt, der letzte zu sein. Er weiß, dass er von den Daleks keine Befehle mehr zu erwarten hat und plant seinem Primärbefehl zu folgen und zu vernichten und zu erobern. Er verlangt aber, mit dem Doktor zu sprechen. Der Doktor beharrt darauf, dass dies unnötig sei. Der verwirrte Dalek bittet ihn daraufhin um neue Befehle. Der Doktor befiehlt, er solle sich selbst zerstören. Der Dalek erwähnt, dass der Doktor ein guter Dalek wäre.
Anschließend gelingt es van Statten wieder Zugriff auf das Sicherheitssystem des Bunkers zu erlangen, um die Sicherheitstüren zu den unteren Stockwerken zu schließen. Da nicht genug Zeit bleibt, lässt der Doktor dies zu, obwohl Rose sich noch nicht in Sicherheit bringen konnte. Sie ist mit dem Dalek zusammen eingesperrt. Ihren Tod fürchtend, teilt Rose dem Doktor noch mit es sei nicht seine Schuld. Doch der Dalek zögert. Rose's absorbierte DNS hat ihn verändert, er fühlt ihre Angst. Der Dalek kontaktiert den Doktor erneut und mit Rose als Geisel verlangt er, nach draußen zu dürfen. Dem Doktor wird klar, dass er Rose nicht erneut opfern kann und öffnet die Sicherheitstüren.
Während sich der Doktor auf die Suche nach einer Waffe macht, erreichen der Dalek und Rose van Statten in seinem Büro. Der Dalek will ihn wegen der Folter töten, doch Rose hält ihn davon ab und fragt, was er möchte: Freiheit. Gemeinsam gelangen sie zur obersten Ebene, wo der Dalek ein Loch in die Decke schießt, sodass er im Sonnenlicht steht. Der Dalek öffnet sein Gehäuse und zum Vorschein kommt ein Wesen mit Tentakeln.
Da erscheint der Doktor und will es töten. Rose lässt dies nicht zu und erklärt ihm, der Dalek habe sich verändert, und scheinbar ebenso der Doktor. Der Doktor senkt seine Waffe und erkennt, wie sehr die absorbierte DNS den Dalek verändert hat. Auch der Dalek erkennt dies, sein Kopf ist jetzt voll neuer Ideen und Emotionen - er entspricht nicht länger der Vorstellung der Daleks von Rassenreinheit. Der Dalek fleht Rose also an, ihm zu befehlen zu sterben. Rose zögert, doch der Doktor redet auf sie ein und sie gibt nach. Der Dalek vernichtet sich selbst. Goddard, die mittlerweile die Kontrolle über die Basis erlangt hat, lässt van Statten derweil verhaften, da seine Handlungen zum Tod von 200 Menschen führten.
Rose und der Doktor kehren zur TARDIS zurück, wo er anmerkt, dass der Ewige Krieg nun endgültig vorbei ist und er gewissermaßen gewonnen habe. Rose fragt, ob, wenn ein Dalek überleben konnte, nicht auch andere Time Lords da draußen sein könnten, doch der Doktor verneint. Überraschenderweise taucht Adam auf und Rose schlägt vor, ihn mitzunehmen auf ihre Reisen. Der Doktor ist zwar skeptisch, gibt aber doch nach und alle drei machen sich auf zum nächsten Ziel.
